这是一个把谜题融入故事中的新型的冒险解谜文字游戏，谜题共有135个，还可利用Wi-Fi网络增加新的谜题，内容丰富多样，NDS的触摸屏功能使解谜变得更加轻松有趣。知名演员大泉洋和堀北真希分别为两位主角莱顿和卢克配音更是一大亮点，更有能登麻美子等声优坐阵，让我们一起来解开小镇之谜吧~!

系统解析   

   莱顿教授的皮箱
ちょうさメモ
      可以查看故事进程的内容及任务
ふかまるナゾ
      记录着故事内容中的小镇之谜
ナゾじてん
      可以查看已经找出来的谜题，已经解开的用“○”表示，尚未解开的用“×”表示
ナゾのパ－ツ
      解开某些谜题会取得零件，只需点击零件就会自动拼装。机械狗拼装完成后帮它起个名字，它有时还会出现在游戏画面当中。回到标题菜单的“ひみつのモ－ド”中，“レイトンからの挑战状”菜单里追加“新しい命を生み出した者の部屋”，新增谜题121—123。
２つのへや
      解开某些谜题会取得家具，根据莱顿和卢克的爱好分别放置到他们的房间里。按照以下摆设，“レイトンからの挑战状”菜单里追加「人の心を捉えられる者の部屋」，新增谜题124—126。
莱顿 アレンの像、アンモナイト、円椅子、花瓶、壁挂け时计、观叶植物、木のテ－ブル、木のベット、豪华な敷物、ソファ、タンス、蓄音机、ティ－カップ、ティ－ポッド、ナゾのボトル、花束、帽子挂け、立派な绘
卢克 青いベッド、椅子、木の机、世界地图、白いカ－ペット、地球仪、テレビ、バイオリン、本棚、本の山、ぬいぐるみ、ランプ
めいが
      解开某些谜题会取得“名画のピ－ス”，把名画のピ－ス拼成一幅画后，“レイトンからの挑战状”菜单里追加“艺术のセンスに长ける者の部屋”，新增谜题127—129。

提示金币
      在画面上仔细搜索一些木桶、电灯、窗户、地面等等时，会得到一些“提示金币”，在解答部分难度高的谜题时可以使用“提示金币”获得答案的提示，答案的提示一共有三个。不过“提示金币”的数量有限，应慎重使用。

シ－クレットファイル
      通关后开启的模式，可以查看角色资料、CG、音乐、角色对话，还可以观看动画。“不思议な町のかくし扉”里，可输入尚未发售的续作《莱顿教授与恶魔之箱》中的密码，内容不明。